Anteriormente en la Catedral se encontraban una serie de piezas de orfebrería y escultura religiosa que actualmente se localizan en  el Museo Diocesano Lucas Guillermo Castillo. 
Algunas de esas piezas son:

Sagrario Expositor de la Catedral (Sala I - Colección de Orfebrería) es la mayor pieza de plata que se conserva en el paíscon 3.24 metros de altura y se encontraba originalmente con las efigies de San Joaquín y Santa Ana en el primer Altar Mayor que existió. El sagrario tiene forma poligonal y se conoce que se estaba labrando en Coro desde 1766. La decoración del sagrario incluye arabescos, y cabezas de angeles. La parte alta era el sitio donde se exponía el Santísimo Sacramento.

Hostiario (Sala I) con cruz de remate que también perteneció a la Catedral.

Antigua Custodia de la Catedral ( Sala I - Colección de Orfebrería) es una pieza del siglo XVII, de plata dorada que se supone fue realizada en talleres mexicanos en el año de 1650. El viril o esfera donde se coloca la hostia consagrada se ha calculado que es original del siglo XVI de una antigua custodia que según dicen fue robada por los ingleses en su ataque a la ciudad en 1659, y es la pieza más antigua de orfebrería en el país. En 1607, el cabildo Eclesiástico decretá pintar la esfera de dorado y colocarle esmeraldas. Esta esfera también exhibe 5 angeles con alas explayadas.
La Cruz que presenta  la custodia data de 1800, cuando fue robada la original por el campanero de la Iglesia.

Imagen de San Juan Bautista (Sala X) la primera imagen que los fieles veían antes  a la entrada a la Catedral en la puerta mayor del templo, es una obra del siglo XVIII en cedro policromado y dorado, y se presenta como un niño vestido con túnica de piel de camello, llevando en su mano izquierda una oveja.

Cruz Dorada (Sala XV) se utilizaba en la Adoración del Viernes Santo y el Obispo Martí la denomina Cruz del Descendimiento. Tiene una serie de espejos embutidos y su creación data de 1750.

El Niño Jesús (Sala X) Posiblemente este es el mismo Niño Jesús que estuviera en la Catedral en 1800, en madera policromada y dorada de rasgos renacentistas tallado en  Coro en el ultimo tercio del siglo XVIII. El Niño aparace recostado en su brazo derecho, abrazando en su brazo derecho la cruz. Antiguamente el 14 de Enero se celebraba la festividad del Niño Jesús en Coro, por el extraordinario fervor de la Coro de ese entonces.

Otras piezas que se encuentran en el Museo Diocesano son la Virgen de los Dolores (Sala XV), candeleros de bronce y cobre (Sala I) y candeleros de plata (Sala I). Todas obras procedentes de la Catedral que se pueden observar en las salas señaladas posteriormente.

Las Imágenes que ilustran esta página son las piezas que actualmente se encuentran en la Catedral.